В момента Висшето военноморско училище „Никола Йонков Вапцаров има двама заместник-началници – по административната част и логистиката (военнослужещ) и по учебната и научната част. Предстои разкриване на длъжност „Заместник-началник по военноморската подготовка на ВВМУ“, която ще се заема от военнослужещ. Това става ясно от проекта за изменение и допълнение на Правилника за устройството и дейността на учебното заведение.
Мотивите за промяната са свързани с обема и многообразието на дейностите във ВВМУ.
.