Църквата, наречена на „Георги Победоносец“ e смятана за най-старата запазена сграда в София, построена по времето, когато града е бил резиденция на императорите Галерий и Константин Велики.
Изключителен сред всички стенописи е този, изписан в 10 век, най-вероятно по времето на цар Симеон I Велики, цар Петър I или на цар Самуил. Уникален е одухотвореният и човешки образ на глава на ангел, изписан под купола, който дава представа за високото майсторство на българската художествента школа от златния век на Първата българска държава.
По-късно тук са се съхранявали светите мощи на небесния покровител на България – свети Иван Рилски.
През османското владичество в 16 век църквата е преустроена на джамия.
В средата на 19 век заедно със Света София и строената за джамия сграда на днешния Археологически музей е изоставена от мюсюлманите. Не след дълго българите-християни отново ѝ връщат старото предназначение на православен храм.
