Средствата за работата на Щабния елемент за интегриране на силите на НАТО в България се осигуряват от две посоки – по Програмата на алианса за инвестиции в сигурността и от бюджета на Министерството на отбраната.
За проектирането, авторския надзор, строежа и ремонтите, както и за консултантски услуги по тези дейности, са вложени малко над един милион и 800 хиляди лева. Именно те са осигурени по програмата на НАТО за инвестиции в сигурността. По същата програма са планирани още два милиона лева. Те са предвидени за комуникационно оборудване.
Национален ангажимент е издръжката на Щабния елемент и изплащането на заплати за персонала. По това перо от бюджета на Министерството на отбраната са предвидени 371 хиляди лева до края на годината.