През периода 1941–септември 1944 г. корабът е флагман на Созополския миночистачен полудивизион.
По време на Втората световна война – от 1941 до 1944 г., в акваторията пред българското Черноморско крайбрежие са поставени над 2766 различни котвени мини. Само за защита на минните полета са заложени получените от Германия 998 противотрални мини. В спомените на уважавания флотски специалист миньор кондуктор (дн. офицерски кандидат) Дончо Баръмов са описани: германски ударни мини „Е-голяма“, български мини Б-36 и Б-38, различни варианти на германски противоподводни и противотрални мини, съветски ударни, смесен тип, магнитни и противотрални, румънски – различни образци. Борбата с минната опасност не прекъсва.
За преминаването на корабите през Варненския и Бургаския залив са оставени секретни проходи, които периодично се проверяват от противоминните сили на Морските войски. При откриването на мина в някой от проходите корабоплаването по него се преустановява до окончателната му проверка – прочистване или прокарване на нов проход.
Периодичните проверки на проходите в участъка между нос Емине и р. Резовска се изпълняват от Созополския миночистачен полудивизион (с ранг на рота) с командир мичман І ранг Неделчо Сяров. Проверките включват оглед на съответния проход и контролна проверка с плаване при спуснати тралове за откриване на евентуални активни противникови (съветски) минни заграждания. А такива не са липсвали!
За изпълнението на многото и разнообразни задачи обаче Созополският миночистачен дивизион не разполага с необходимите специализирани плавателни средства. А те са само
три безпалубни миночистачни
лодки „Несебър“, „Емона“ и „Балик“ – ветерани от Първата световна война. Любопитна подробност: въпреки че са в края на своята експлоатационна годност, миночистачите са допълнително въоръжени с по две подводни бомби за борба с постоянно патрулиращите в наши териториални води съветски подводници. Строителството на новите миночистачни катери по проекта на капитан І ранг Протасий Пампулов е в самото си начало и командването на Морските войски организира мобилизацията на четири граждански моторни ветрохода с дървени корпуси, които са включени в полудивизиона. Мобилизираните кораби са с екипажи от по 8 души: командир, двама рулеви, картечар, двама миньори и двама мотористи.
Мобилизираните кораби са: „Цар Борис ІІІ“ (собственост на Яни Пинелов – моряк и търговец от Созопол), „Кооператор“ и „Делфин“ (собственост на риболовната кооперация „Българка“ в Созопол) и „Устрем“ (собственост на Ихтиологичната станция в Созопол). „Цар Борис ІІІ“ става флагман на формированието. Той е не само най-голям – с дължина 15,5 м и с вместимост 20 бруто-регистър тона, но има и най-надеждния двигател: полудизел HMG (40 к.с.). Корабът е с доказана
висока мореходност
и има възможност да приема на борда разоръжените мини и да ги транспортира до Атия, където ги приемат в специализиран склад. И не на последно място – притежава надежден навигационен компас, какъвто част от другите кораби нямат.
През периода 1941–септември 1944 г. „Цар Борис ІІІ“ е универсалният боец на созополския миночистачен полудивизион. В двойка с „Делфин“ (или с „Кооператор“) с немския трал MPG участват в извършването на контролните проверки на проходите. При получаване на съобщение за открита плаваща или изхвърлена на брега мина команда от миньори отива на място с „Цар Борис ІІІ“, за да я обезвредят.
„Кариерата“ на „Цар Борис ІІІ“ приключва внезапно на 8 септември 1944 г., когато съветските окупационни власти безпардонно реквизират кораба и го изпращат към пристанището на Кюстенджа (Констанца), за да го използват за
транспортирането на трофеи
към Одеса. Но по пътя по време на буря той потъва на 10 септември пред румънското пристанище Мангалия. В изследване на д-р Мариана Кръстева се посочва, че собственикът на кораба Яни Пинелов със свои сили и средства организира вдигането му от морското дъно. През ноември получава разрешение от съветското командване да го върне в български териториални води. Щетите по „Цар Борис ІІІ“ са сериозни и през цялата 1945 г. той е на ремонт в работилницата на Морските войски в Созопол. От тук нататък следите на красивия бял кораб се губят. Причината е в името, изписано на борда му. След септември 1944 г. е немислимо името на цар Борис ІІІ да бъде дадено дори на малка гребна лодка. А какво име е получил участвалият в продължение на повече от три години в бойно миночистене „Цар Борис ІІІ“ засега е неизвестно. Но пък новоиздирени документи в държавните архиви във Варна и Бургас ни дават информация за неговата история като граждански плавателен съд преди мобилизацията му.
Построен е през 1922 г. в Созопол и корпусът му е с изящни обводи, с каквито се характеризират построените там риболовни кораби и гемии за каботажно плаване. Първият му собственик е Николай Каракапитанов. Отначало е само моторен ветроход с вместимост 9 бруто регистър тона и е с дължина от 11 м. През 1931 г. е купен от Надежда Георгиева и е регистриран в Пристанище Варна. Монтиран му е мотор Nat Farbinia с мощност 14–16 к.с. През 1937 г. „Цар Борис ІІІ“ става собственост на Тодор Панайотов Евлоименов и е регистриран в Поморие.
Вероятно година-две след това корабът е купен от Яни Пинелов и е регистриран в Созопол. Новият собственик прави не само основен ремонт, но и
конструктивни подобрения
с които подобрява неговата товаровместимост. Монтиран е и нов двигател. Благодарение на тези промени Яни Пинелов печели организирания на 20 юни 1940 г. в Бургас търг от Дирекцията на водните съобщения за извършване на услугата „превоз на пътници между Бургас и съседните градове Созопол, Несебър, Поморие и излетните точки по крайбрежието на Бургаския залив“. Уви, „Цар Борис ІІІ“ плава като пътнически кораб само едно лято: от 1 юли до 15 септември 1940 г. През следващата година на него е вдигнат български военноморски флаг.
Черноморският миночистач „Цар Борис ІІІ“ е несправедливо пренебрегван в нашата военноморска история. Макар и мобилизиран, той служи като военен кораб и участва в бойно миночистене повече от три години. Получава се парадокс: мобилизираните на р. Дунав граждански влекачи „Искър“ и „Цибър“ са възприети като участващи във войната и вече трето поколение противоминни кораби носят техните имена. А мобилизираните на Черно море граждански кораби, участвали в не по-малко опасно миночистене, са забравени… Най-вероятно заради името „Цар Борис ІІІ“ – неприемливо за социалистическата пропаганда. Е, минаха повече от 30 години, откакто тази пропаганда не съществува…!
