Армейски генерал Йордан Мутафчиев е последният военен министър у нас, който е с пагон – действащ офицер. След него министерството вече се ръководи от цивилни. Като генерал-лейтенант Мутафчиев е командвал Трета армия, чийто щаб е в Сливен.
По пътя към върха във военното ведомство той преминава през Рубикон-а – 10 ноември. Събитията от края 1989 г. са почти напълно съхранени в паметта на генерала. Към полунощ тогава му се обажда дежурният по щаб, че го търси министърът на отбраната армейски генерал Добри Джуров. В книгата си „На главното направление” той разказва как министърът се осведомил за местоположението му. Заповядал да се предупредят командирите след прибирането им по гарнизоните, да не се отлъчват без необходимост. Същото се отнасяло и за Мутафчиев и заместниците му. Едва на следващата сутрин всички разбират за смяната на Първия в държавата.
В края на декември 1989 г. изненадващо е назначен за заместник-министър на отбраната. По това време е на 49 г. Няколко месеца по-късно Мутафчиев е предложен за министър на отбраната от самия Джуров и заема поста на 21 септември 1990 г.
Армейски генерал Мутафчиев ръководи МО във второто правителство на Луканов и в кабинета на Димитър Попов. На 8 ноември 1991 г. сдава поста на пъpвия цивилен миниcтъp на отбраната Димитъp Лyджев. Мутафчиев ръководи и Испектората, а от 1993 до 1997 г. е посланик в Северна Корея.
